| 駅構造 | 高架駅 |
| ホーム | 2面3線 |
| 乗車人員 | 52人/日（2019年） |
| 開業 | 2016年(平成28年)3月26日 |
| 電報略号 | キコ |
| 所属路線 | 北海道新幹線、海峡線、道南いさりび鉄道 |
| 駅番号 | |
| キロ程 | 113.3 km (新青森起点)、87.8 km (中小国起点) |
| 構内現業組織 | 函館支社工務所木古内管理室 |
| 夜間滞泊 | 無 |
| 乗換 | 有 函館バス 木古内駅前バス停 |
| トイレ | 有（水洗） |
| 特急停車 | 無 |
| 駅員配置 | 有 駅長配置駅 |
| みどりの窓口 | 有 6:30～17:00 |
| 話せる券売機 | 有 6:20～22:10 オペレーター対応 6:20～22:10 |
| 自動券売機 | 有 |
| コンビニ/お土産屋 | 無 |
| 駅弁販売 | 無 |
| 食堂/レストラン | 無 |
| 駅レンタカー | 有 |
| コインロッカー | 無 |
新幹線ホームの木古内駅名標
新幹線改札口とみどりの窓口
駅内にある木古内駅の模型
新幹線「木古内」駅と道南いさりび鉄道「木古内」駅を繋ぐ通路
ちなみに、海峡線には現在旅客用ホームは無い。
道南いさりび鉄道「木古内」駅の入口
道南いさりび鉄道「木古内」駅の待合室
待合室には鉄道部品・鉄道写真の展示がある。
道南いさりび鉄道 木古内駅名標
