| 駅構造 | 高架駅 |
| ホーム | 2面4線 |
| 乗車人員 | 5,200人/日（2019年） |
| 開業 | 1910年(明治43年)5月16日 |
| 電報略号 | ナホ |
| 所属路線 | 函館本線 |
| 駅番号 | Ｈ02 |
| キロ程 | 288.2 km (函館起点) |
| 構内現業組織 | 苗穂工場 苗穂運転所 |
| 夜間滞泊 | 有 |
| 乗換 | ジェイアール北海道バス 北海道中央バス 降車のみ：北都交通、宗谷バス、沿岸バス |
| トイレ | 有（水洗） |
| 特急停車 | 無 |
| 駅員配置 | 有 駅長配置駅 |
| みどりの窓口 | 有 7:00～18:00 |
| 話せる券売機 | 有 5:30～最終列車まで オペレーター対応 6:00～23:00 |
| 自動券売機 | 有 |
| コンビニ/お土産屋 | 有 |
| 駅弁販売 | 無 |
| 食堂/レストラン | 無 |
| 駅レンタカー | 無 |
| コインロッカー | 無 |
駅構内に特急列車の折り返し待機線があり、苗穂駅ホームから見える。
出改札口。2018年に3代目の高架新駅舎が開業。
